高通量测序结果报告系统-专注于提高测序数据分析效率

高通量测序结果报告系统聚焦于项目的实施与交付,从项目合同签订后,明确项目范围,明确任务,明确关系人。该系统的目的是提高项目交付的效率,缩短项目交 付时间,增加用户满意度。规范化,可视化项目流程,标准化、自动化、固定化一系列任务,实现项目报告自动化生成,形成新型的与客户的关系。

提高项目实施效率

  • 项目进展的可视化,可跟踪,项目的可控性;
  • 流程化,标准化,自动化,相辅相成;
  • 将分析人员从琐碎的事情中解放出来,维护流程,优化流程;
  • 知识传承与共享,同类问题,分秒解决;
  • 改善人机交互环境,更多的事情交给计算机完成,提升资源利用率
  • 可度量性,容易发现流程的短板,暴露问题,解决问题
  • 人员利用率,人员重叠,任务明确,遇到问题有章可循
  • 管理,绩效度量

提高客户满意度

  • 项目状态在线查询,客户可以实时查看项目的进展,查看阶段性报告
  • 工单管理系统,客户问题直接和分析人员的交互,及时发现问题,及时解决问题,搭建沟通桥梁
  • 数据分析的标准化,严格的质控,实时的审核,保证数据的准确性
  • 数据报告的标准化,格式化,提升公司形象
  • 缩短项目的交付时间,时间就是金钱
  • 用户的参与与决策,分析的针对性、个性化,提升数据的价值,不再只是漂亮的图表

from:http://biolinevo.com/report

web工程师的web架构设计经验分享

来源:http://www.phpv.net/html/1663.html

本人作为一位web工程师,着眼最多之处莫过于性能与架构,本次幸得参与sd2.0大会,得以与同行广泛交流,于此二方面,有些架构设计的心得,不敢独享,与众友分享,本文是这次参会与众同撩交流的心得.

架构设计的几个心得: Continue reading

安装配置wampp2.2

 XAMPP 是一个易于安装且包含 MySQL、PHP 和 Perl 的 Apache 发行版。XAMPP 的确非常容易安装和使用:只需下载,解压缩,启动即可。

集成Apache,MySQL,Perl,PHP。而且解压缩就可用。

 安装配置wampp2.2

配置wampp 在这个例子里,我们把下载下来的wampp-2.2.zip,解压到 c:\wampp2 下,大家可以按照这个来举一反三。解压后的目录结构应该如下图所示: Continue reading

PHYLIP在Linux下的安装

phylip是常用的系统生物学分析的软件之一,可以用于构建web的生物系统分析的后台执行程序,也可以用于批量的流程处理。

下载源码:

gzip’ed tar archive of C sources and documentation

解压、编译

gunzip phylip-3.68.tar.gz

tar xjf phylip-3.68.tar

make install

安装到../exe目录中,将其拷贝到你的应用目录中或者加入path中,就可以使用了。

利用ClusterW2构建多重比对的web服务:如何实现批量比对

ClusterW是最长用的一个多重比对工具,如何利用ClusterW构建一个多重比对的Web 服务,遇到的第二个问题就是如何根据用户的选择现实批量比对。我一直在琢磨着这件事情,时不时搜索一番,始终没有一个好的方案,却看到网上有很多这样的服务,却不开放源代码。这一次终于醒悟了,ClusterW提供了很多的参数,本来就可以实现,我却一直认为其只能交互式的使用,原来就在眼前,我却在苦苦寻找。

哦,为什么要建立web服务,有这么几点考虑: Continue reading

linux:ClusterW2的编译与安装

ClusterW是最长用的一个多重比对工具,如何利用ClusterW构建一个多重比对的Web 服务,那么首要的问题就是软件在不同linux版本下的安装,这就是这篇文章的出发点。不但版本不一样,拥有的权限也不一样,所以需要了解详细的安装方法。

编译环境

linux或者Unix,windows下可以使用cygwin,需要有C++编译环境,GCC>=4.2

下载

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html Continue reading