生物信息为什么要使用linux?

许多朋友或许都是因为生物信息而认识了linux,因为许多软件都必须在linux下才能安装使用,于是linux,成为了从事生物信息分析分析人员必须得一个技能,在国内windows一统天下,或许linux又成为了一个门槛。

但是很少有人反思为什么必须使用linux,我想弄清这个问题,对于大家学习与认识linux是大有益处的,抓住关键,看清实质,相信你也一定能讲linux学好。 继续阅读

linux和unix下常用解压和压缩命令

.tar
解包: tar xvf FileName.tar
打包:tar cvf FileName.tar DirName
(注:tar是打包,不是压缩!)
———————————————
.gz
解压1:gunzip FileName.gz
解压2:gzip -d FileName.gz
压缩:gzip FileName
.tar.gz
解压:tar zxvf FileName.tar.gz
压缩:tar zcvf FileName.tar.gz DirName
——————————————— 继续阅读

Linux文件查找命令find,xargs详述

目录

版权声明
前言:关于find命令

一、find 命令格式

  • 1、find命令的一般形式为;
    2、find命令的参数;
    3、find命令选项;
    4、使用exec或ok来执行shell命令;

二、find命令的例子;

  • 1、查找当前用户主目录下的所有文件;
    2、为了在当前目录中文件属主具有读、写权限,并且文件所属组的用户和其他用户具有读权限的文件;
    3、为了查找系统中所有文件长度为0的普通文件,并列出它们的完整路径;
    4、查找/var/logs目录中更改时间在7日以前的普通文件,并在删除之前询问它们;
    5、为了查找系统中所有属于root组的文件;
    6、find命令将删除当目录中访问时间在7日以来、含有数字后缀的admin.log文件
    7、为了查找当前文件系统中的所有目录并排序;
    8、为了查找系统中所有的rmt磁带设备;

三、xargs
四、find 命令的参数;

  • 1、使用name选项
    2、用perm选项
    3、忽略某个目录
    4、使用find查找文件的时候怎么避开某个文件目录
    5、使用user和nouser选项
    6、使用group和nogroup选项
    7、按照更改时间或访问时间等查找文件
    8、查找比某个文件新或旧的文件
    9、使用type选项
    10、使用size选项
    11、使用depth选项
    12、使用mount选项

五、关于本文
六、相关文档 继续阅读

linux:查找大文件

当硬盘空间不够时,我们就很关心哪些目录或文件比较大,看看能否干掉一些了,怎么才能知道呢?

du -sh [dirname|filename]
如:当前目录的大小:
du -sh .
当前目录下个文件或目录的大小:
du -sh *
显示前10个占用空间最大的文件或目录:
du -s * | sort -nr | head

  • -h已易读的格式显示指定目录或文件的大小
  • -s选项指定对于目录不详细显示每个子目录或文件的大小

PHYLIP在Linux下的安装

phylip是常用的系统生物学分析的软件之一,可以用于构建web的生物系统分析的后台执行程序,也可以用于批量的流程处理。

下载源码:

gzip’ed tar archive of C sources and documentation

解压、编译

gunzip phylip-3.68.tar.gz

tar xjf phylip-3.68.tar

make install

安装到../exe目录中,将其拷贝到你的应用目录中或者加入path中,就可以使用了。

linux下R语言包的安装

本文介绍R在linux下的安装方法

R packages

在/etc/apt/sources.list
add an entry like
or
or
 
To install the complete R system, use
  sudo apt-get update 继续阅读

linux:su的用法

1.作用
  
  su的作用是变更为其它使用者的身份,超级用户除外,需要键入该使用者的密码。
  
2.格式
  
  su [选项]… [-] [USER [ARG]…]
  
3.主要参数
  
  -f , –fast:不必读启动文件(如 csh.cshrc 等),仅用于csh或tcsh两种Shell。
  -l , –login:加了这个参数之后,就好像是重新登陆为该使用者一样,大部分环境变量
(例如HOME、SHELL和USER等)都是以该使用者(USER)为主,并且工作目录也会改变。
如果没有指定USER,缺省情况是root。
  -m, -p ,–preserve-environment:执行su时不改变环境变数。
  -c command:变更账号为USER的使用者,并执行指令(command)后再变回原来使用者。
  
  USER:欲变更的使用者账号,ARG传入新的Shell参数。
  
4.应用实例
  
  变更账号为超级用户,并在执行df命令后还原使用者:
  su -c df root
使用root帐户:
su -fl

linux:ClusterW2的编译与安装

ClusterW是最长用的一个多重比对工具,如何利用ClusterW构建一个多重比对的Web 服务,那么首要的问题就是软件在不同linux版本下的安装,这就是这篇文章的出发点。不但版本不一样,拥有的权限也不一样,所以需要了解详细的安装方法。

编译环境

linux或者Unix,windows下可以使用cygwin,需要有C++编译环境,GCC>=4.2

下载

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html 继续阅读