使用CAP3拼接构建uniGene

RNA-seq对于两个处理样本进行分别测序,现在需要比对这两个测序结果的差别,使用CAP3,仍然是一个不错的选择。另外一个用途就是对于不断增加的转录组数据进行拼接,建立UniGene。

Cap3简介

Huang, X. 和 Madan, A 开发的一套用于序列拼接的软件,此软件适用于小的数据集或 EST 拼接,它有如下特征:

  • 利用正反向进行拼接,更正拼接错误、连接 contigs。
  • 应用 reads 的质量信息。
  • 自动截去 reads5`端、3`端的低质量区。
  • 产生 Consed 程序可读的 ace 格式。
  •  CAP3 能用于 Staden 软件包的中的 GAP4 软件。

下载安装

下载地址http://seq.cs.iastate.edu/cap3.html。下载操作系统,下载相应版本的,加压后,就可以使用。

CAP3 详细参考文档可见http://deepc2.psi.iastate.edu/aat/cap/capdoc.html 继续阅读