hmmer的安装与使用

从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及,这里是一篇入门级的介绍文章。

hmmer下载与安装

对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装:

   % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz
   % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz
   % cd hmmer-3.0
   % ./configure
   % make
   % make check

windows系统,直接下载二进制压缩包,解压就可以使用,下载地址: 继续阅读

生物信息为什么要使用linux?

许多朋友或许都是因为生物信息而认识了linux,因为许多软件都必须在linux下才能安装使用,于是linux,成为了从事生物信息分析分析人员必须得一个技能,在国内windows一统天下,或许linux又成为了一个门槛。

但是很少有人反思为什么必须使用linux,我想弄清这个问题,对于大家学习与认识linux是大有益处的,抓住关键,看清实质,相信你也一定能讲linux学好。 继续阅读