主流的生物信息数据库模型

什么是数据库,相关的概念

数据库充斥着生物信息的每个角落,要数清楚这个主题,首先要解释一下,在不同场合下“数据库”的不同含义,主要包含4个方面:

数据库管理系统

数据库管理系统(Database management systems , DBMSs)是管理数据的软件系统,比如Oracle、MySQL、PostgreSQL、Sybase、DB2、MS SQL等等,其是数据库的容器,是管理数据库综合软件系统。

数据库模式(Database Schema)

数据库模式指特定数据库的设计,也就是其内容的组织方式,就关系型数据库来说,就是其表、表中的列,以及表之间关系的设计。其可以在不同的数据库管理系统中实现,可以重复使用,构建不同的数据库应用。

基于数据库的网站(Database Web Site)

常被我称为数据库信息系统,其后台以数据库作为支撑,所有信息都存储在数据库中,通过网页提供访问接口,实现对信息的查询管理,构成一个容易交互的信息系统。生物信息领域内常见的如s FlyBase (http://flybase.org) ,ParameciumDB (http://paramecium.cgm.cnrs-gif.fr)等。常说的生物信息数据库资源,也通常指的是该类别的数据库。 继续阅读