基于HMM的基因功能鉴定

前提:基因组测序或者转录组测序

目的:

  • 鉴定该物种中某个基因家族的所有成员;
  • 每个基因的功能鉴定;

什么是HMM:

HMM(Hidden Markov Model,隐马尔科夫模型)是一种用参数表示的用于描述随机过程统计特性的概率模型,是一个双重随机过程, 由两个部分组成:马尔可夫链和一般随机过程。 其中马尔可夫链用来描述状态的转移,用转移概率描述。一般随机过程用来描述状态与观察序列间的关系,用观察值概率描述。对于HMM模型,其的状态转换过程是不可观察的,因而称之为“隐”马尔可夫模型。

为什么要用HMM: Continue reading