生物信息学的阶梯-初级

生物信息学者的路标,你现在在哪里?您可以走向哪里?您该如何开始,如何阶进?生物信息专业可以从事哪些工作,适合哪些职业,如何来进行职业规划等等,带着这些问题,在下面的几个系列中,将对此进行总结,当然一己之言,不足之处还待共同讨论,仅供参考。

生命科学的重点已由实验分析和数据积累,开始向数据分析及其指导下的实验验证转移,生命科学正在经历着从分析还原思维到系统整合思维的转变。

正是因为这样的转变,生物信息初级阶段,已经成为分子生物学的相关的专业的一个普遍要求,会查找和利用数据资源,会对数据进行基本的分析,或许你的方向不同,所要求你掌握的重点也不同,如果刚刚开始,下面的提纲,可以供你参考,这是来自于实践的,而不是某种教学大纲。

生物学背景

  •  熟悉核酸、蛋白质、RNA、中心法则等遗传学的相关概念,原理;
  •  熟悉基因、基因组、基因组计划,测序方法、遗传图谱、物理图谱等相关知识;
  • 了解基本的实验流程,比如PCR、凝胶电泳、文库、基因克隆、RC-PCR、x杂交、芯片等基因工程方面的实验的原理、流程;
  •  专业英文基础

计算机背景

  • 了解基础的网络知识,网络使用方法,如用Google进行搜索;
  • 了解操作系统,会软件的安装与卸载;
  • 了解基本的文件类型,比如什么是文本文件,会使用不同的程序打开相同的文件;

生物信息学

  • 熟悉NCBI、EBI、DDBJ等网站的数据库,会熟练对核酸、蛋白质数据库进行检索,并对检索结果按照指定格式进行批量下载;
  • 熟悉常用的数据格式,比如FASTA,Genbank,Swissprot,aln等,并会使用文本编辑器查看、编辑这些文件;
  • 会使用网络版的BLAST、Cluster等软件的基本功能,会简单的结果分析;
    会对测序结果进行处理比如去除载体,序列核对,鉴定等,了解峰图的含义;
  • 会DNAMAN、Primer5、MEG、BioEidt等软件的安装与使用;

你可以做什么了

  • 了解基因组研究进展,为实验设计做前期的调研,分析准备工作;
  • 测序结果的分析,得出结论;

示例

  • 基因的clone与鉴定,比如通过16s RNA序列鉴定新物种;

推荐参考书

  • 《基因组》
  • 《生物信息》

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