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18 thoughts on “关于

  1. 张老师您好,
    请教您几个问题,我现在想做一个自定义的数据库,可以让blast来查询比对。但我查到的资料中很多都是提到对ncbi上下载下来的数据库的支持,却基本上很少提到blast对自己定义的数据的支持。
    或者说,我自己定义数据库的字段的时候应该怎么定义,才能让blast能操作我自己数据库的数据。

    • 其实很简单,准备自己比对数据库的序列文件,fasta格式,使用formatdb格式化,命令行比对中,-d 参数指向该文件就可以了。或者与ncbi下载数据库的差别就是需要准备自己的fasta格式的序列文件,然后使用formatdb进行格式化。有关fasta格式与formatdb可以参见我的相关博文。有什么问题,再给我留言,祝好。

  2. 您好!我现在尝试向SRA上传illumina 的测序序列,但是一直有问题,特别是到了MD5 checksum 这一步,一直进行不下去了,很着急,麻烦您帮忙解答一下,或者提供一下,电话,致电您。非常感谢!

    • md5是一种加密算法,输入一个字符窜或者一个文件,生成一个32位的唯一的字符串编码,输入的不同得到的编码肯定也不同,除了用于密码校验,现在还普遍用于文件完整性的校验,特别是上传、下载的的大文件。在linux中有md5命令,md5后面跟上文件名,就会计算出校验的字符串,window中需要下载安装一个md5程序。

  3. 博主,你好,我是在ubuntu14.04上在线安装的gbrowse,自带的yeast测试数据的其他tracks可以正常显示,但是唯独GC Content这个track不显示。看了官方文档说ubuntu11.0以上都可以在线安装而且可以解决依赖问题,但是就是不显示,求博主帮助!

  4. 老师,您好,我在学本地blast,看到您的一个帖子说数据库可以去ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/这里下载,
    那是把这个db目录里的全部下载下来吗?
    能不能去ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/下载nr数据库就可以呢?
    这两个文件夹有不同吗?
    谢谢。

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