如何鉴定rRNA

核糖体RNA,与蛋白质结合而形成核糖体,其功能是作为mRNA的支架,使mRNA分子在其上展开,形成肽链的合成。
rRNA占RNA总量的82%左右
原核生物的rRNA分三类:5SrRNA、16SrRNA和23SrRNA。
真核生物的rRNA分四类:5SrRNA、5.8SrRNA、18SrRNA和28SrRNA
人基因组的四种rRNA基因中, 18S、5.8S和28S rRNA基因是串联在一起的,每个基因被间隔区隔开, 5S的rRNA基因则是编码在另一条染色体上
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生命遗传体系的一致性,不同的物种之间,同源性非常高,通常用来进行物种的分类鉴定。

通过核糖体构建的整个生命树

已经测序的,基因组测序的,物种,如何鉴定5S RNA基因?
  • 拼接的影响,是否是重复序列?
  • 测序覆盖率的影响,
  • 预测蛋白的情况
核糖体RNA的特点,基因组分布,基因结构?
  • 呈簇分布
  • 拷贝数
  • 结构图,长度,特点
不同的测序流程对于其的影响?
  • 构建库,是否会去除?
如何鉴定?
  • 近缘物种的基因比对,核酸序列
  • 通用引物的电子pcr克隆
  • 基于蛋白质的结构域检索,tblastx,hmmer
如何确认?
  • 18|16s,5s,28s,基因组结构
  • 多重比对,系统发育树

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