GBrowse的介绍与安装

什么是GBrowse?

  • The Generic Genome Browser (GBrowse) is a genome viewer.
  • GBrowse是个开源的基因组浏览器;
  • 是一个图形化展示基因组数据;
  • Ensemble、UCSC Genome Browser、mapviewer等同属一类,但其目的是开源工具本身,注重工具的易用性,可配置性,文档等,如果你也想展示自己的数据,GBrowse是最好的选择。包括数据的制备、多种数据库的支持、灵活而强大的配置语法、可以定制的插件库、完善的文档教程等等;
  • wiki: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

GBrowse的安装

下面是基于技术构建对于GBrowse的描述

  • 是基于perl、bioperl的
  • 是基于B/S架构的web系统
  • linux、apache、mysql使其最理想的环境
  • 目前2.0版本还不太稳定

所以其安装,可以分为以下三个部分:

  1. 环境准备,包括操作系统的安装、apache的安装,mysql的安装,perl的安装;
  2. 依赖包得安装,包括:
    • Module::Build
    • GD
    • Bio::Perl (version 1.6.0 or higher)
    • Bio::Graphics
    • JSON
    • LWP
    • Storable
    • IO::String
    • Capture::Tiny
    • File::Temp
    • Digest::MD5
    • CGI::Session
    • Statistics::Descriptive

    具体以安装手册为准。

  3. GBrowse的安装
  4. 目录权限设置及其相关的配置

什么时候GBrowse的示例的图形正常显示,就可以认为已经安装完成了,下面就是深入的研究配置,将自己的数据展示出来。

GBrowse的安装手册写的非常好,可以按照步骤去具体操作,不同的操作系统、不同的应用环境,情况也不同,这里只是为了让你对其增加些了解,以及分享些经验,去用一种思路快速的解决遇到的问题。简单的写一个安装步骤,倒是容易,但是到底好不好用,就不好说了,所以读官方文档是最好的选择。

注意事项:

  • 越是新手,越是要按照手册来,一步步来,要不遇到的问题解决了,再开始下一步;
  • 对于许多模块可以使用cpan进行安装,如果其报告错误,一定要下源代码进行编译安装;
  • 遇到问题,解决问题就是调试的过程,注意调试的方面,去认真的读错误信息,特别要注意去读apache的error日志,关键是定位问题,是apache问题,perl问题,权限问题,依赖包问题,还是其他;
  • GBrowse也可以在windows下安装,不推荐安装,主要是依赖的perl库的安装可能会遇到很多的麻烦,如果你使用1.0的版本,还是很容易安装的;
  • 注意更新,及时更新,你遇到的解决不了的问题,更新过后或许就不存在了,目前的版本你还是很容易遇到bug的

ok,这是个开始,以后会陆续写一下关于GBrowse使用的文章,敬请关注。

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