生物信息为什么要使用linux?

许多朋友或许都是因为生物信息而认识了linux,因为许多软件都必须在linux下才能安装使用,于是linux,成为了从事生物信息分析分析人员必须得一个技能,在国内windows一统天下,或许linux又成为了一个门槛。

但是很少有人反思为什么必须使用linux,我想弄清这个问题,对于大家学习与认识linux是大有益处的,抓住关键,看清实质,相信你也一定能讲linux学好。

生物信息学为什么要使用linux,或者使用于生物信息的软件为什么必须在linux下安装?

  1. 许多软件都是C或者perl开发的
    就目前我所知道的,以及基于此而推测的,开发生物信息专业软件的人员,和专业软件领域的程序员还是有很大的区别的,他们多半是生物专业的,而后又学习的编程,所以大多可以自由选择开发语言,很少有外部因素说,你必须使用某种语言,所以基于某种算法的实现,多选择C语言开发,应用型的,多选择perl、paython,选择java的少。
  2. 开发人员都是使用linux写的C或者perl
    用C或者perl开发,基本上都选择linux,因为其实开源的、免费得,更为关键是其天生具备C或者perl的开发环境,很容易的就可以进行软件的编译、调试。使用windows,你去试一试,麻烦着呢!!!
  3. 软件都是以源代码形式发布的
    生物信息软件开发多半是独个大牛或者一个小型的团队,以研究为目的,主要目的是算法的实现,而不是软件的推广与应用,或者以用户使用数目为第一目的(盈利),软件的发布形式是源代码。而编译不同操作系统的二进制包是件枯燥而麻烦的事情,没有人愿意做这样的事情,同时因为是科研,也是崇尚公布源代码。所以做数据分析你使用很多的软件的发布都是这样的形式,只有非常少数的、普遍使用的软件才会有不同操作系统的二进制包,比如windows下的安装包。如果发布形式是源代码,这些软件的开发基本上都在linux下完成的,安装的过程包括配置、编译、测试、安装。软件编译安装环境,而许多软件都会使用第三方库,软件运行环境,包的依赖关系。

我想最后一点也是最主要的一点,对于刚入门的了解了这个原因,就知道了自己应该关注的重点,而从源代码进行编译安装,最重要的就是软件的环境,包括编译环境、依赖包得安装与配置。不要将精力或者迷失到linux的其他的某个角落。

后面的主题中,我将陆续介绍:

  • linux与windows有哪些不同的地方?水土不服主要表现在哪里?
  • linux容易跌倒的地方有哪些?系统安装、文件系统设置、硬件驱动、读写执行权限、X图形窗口、硬盘挂载、网络环境
  • 什么是shell,及其常用命令
  • linux的远程使用

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