生物信息学与linux

讲到生物信息学的时候,时常会关联到linux,那么作为以生物学研究为主要目的,对于生物信息学分析同时有较多需求的科研人员如何来认识和学习linux,结合自己的经历,谈一下感受。

为什么要使用linux?

我想不外乎3个原因:

  1. 、因为linux系统是使用C写,所以本身集成了C的编译使用环境,而很多生物信息学的软件都是使用c写的,发行的C源代码包,需要编译安装后才能使用;
  2. linux稳定,是作为web、数据库服务器的首要选择
  3. linux系统本身是开源的

其实关键是第一点,但是比较成熟的软件都windows版本,或者都有web服务,除非有非常明确的需要,比如某个软件没有替代软件,而且只有在linux下使用,那么就找个机器安装个linux就可以了,我的意思是没有必要为了linux而linux,似乎只有学好linux才能做好生物信息学分析。

目前linux下有哪些系统,如何选择?

ubuntu http://www.ubuntu.com/
其图形界面做的非常漂亮,安装使用方便,文档丰富,使用的人数众多,社区比较多,遇到问题容易找到答案。

服务器级
Redhat Enterprise Linux v5.4
或者安装ubuntu server

生物信息专业的系统gentoo
http://www.gentoo.org/
集成了大量的生物信息学分析环境,但是需要熟手才能安装使用起来。

服务器与个人桌面系统的区别
服务器: 长时间运行,多用户通过客户端使用
个人桌面:方便操作,支持文档、多媒体,界面友好

应该将主要尽力放在实验流程的设计上

想要什么样的结果,如果可以将结果描绘清楚,基本上可以说已经事半功倍了,一些较为难得分析流程可以请专业的生物信息人员代为分析,或者交给生物信息分析的公司代为分析。

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