新兴互联网技术在生物信息学中的应用

新的方法技术,首先是以新闻形式传播到我们的耳朵中,然后是以此技术为背景的某个应用开始火爆,带动起广泛流行,此后开始在专业领域中应用。前几年开始流行的web 2.0技术现在已逐步在生物信息学领域得到广泛应用。

基因组注释为目的协作平台

生物学是一个包含海量信息的科学,所以更引申出生物信息学这里领域,生物信息学在满足数据的存储、查询、挖掘、共享等基本需求后,下一步的任务就是建立满足生物科研人员的之间信息交流、科研协作、共同编辑的全球实验室平台。如同解读人类基因组所遇到的障碍一样,其复杂性不是几个课题组可以解决的,而需要全球实验室共同协作,这个协作平台需要肩负起共同成果的展示、可用性极强的编辑界面、严格的版本控制。

蜜蜂基因组的注释就是一个很好的例子,研究人员按照研究领域被分成几小组,每个小组由领域专家负责,然后协同对基因组进行注释。这样在很短的时间内就完成了对蜜蜂基因组的注释。

当然要完成更多的基因组注释,以及进行对基因组的持续注释,就需要一个开发型的平台提供支撑,而目前还没有这样的系统。

基因wiki

The Gene Wiki

The Gene Wiki

当然最开始时,许多生物信息软件的说明文档都是以wiki组织,以基因、蛋白质、物种、疾病表型、pathway等位单位wiki也开始进入到应用。

对于可用性来说,wiki比单纯的数据库信息系统有更多的优势,比如搜索引擎友好性、界面友好性、版本控制、编辑协作、评论等,开发像基因、pathway、蛋白质保守域、GO等以概念来组织信息的,又需要不断的补充完善的系统是一个趋势。

但是目前的wiki系统对于在生物学中的应用还需要做相应的调整,比如词条的分类组织方面应当加强。

参考链接:
http://en.wikipedia.org/wiki/Portal:Gene_Wiki

数据库更新通过RSS发布更新

DDBJ launches a new archive database

DDBJ launches a new archive database

Really Simple Syndication(RSS)是一种消息来源格式规范,是目前使用最广泛的XML应用。RSS搭建了信息迅速传播的一个技术平台,使得每个人都成为潜在的信息提供者。发布一个RSS文件后,这个RSS Feed中包含的信息就能直接被其他站点调用,而且由于这些数据都是标准的XML格式,所以也能在其他的终端和服务中使用。

web service在数据查询、数据分析中广泛应用

NCBI、EBI等数据中心的数据库系统、在线分析系统都提供了Web service接口,而这已经成为一个趋势,越来越多数据库、分析平台建立时都考虑建立web service接口。

手机应用平台

随着3G手机的深入应用,各样的手机平台必将应用到生物学领域,使得生物学实验的数据采集变得更加容易,生物信息学的数据分析更加方便。

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