《核酸研究》在线分子生物学数据库索引

《核酸研究(Nucleic Acids Research)》搜集其上发表的或者其他杂志上发表的关于数据库的文章,建立的数据库索引。并且建立了一个分类系统,将这些数据库资源进行分类。建立的资源大多会发文章,而能发表在《核酸研究》上的数据库资源其质量还是有一定的保证的。

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流感病毒数据库- influenza virus database

流感病毒数据库由NIAID维护,成立于2004年,是一个免费提供流感病毒数据与分析资源综合数据库平台。数据库包含直接由研究人员提交的不同数据集,公共数据库的相关数据,以及科学文献中提取的相关数据等。同时可以使用各种生物信息学分析工具结合数据库进行各种分析,比如多重序列比对、系统发育分析等。数据库接受用户在线提交流感数据,提交的流感序列可以直接向GenBank提交。

访问地址:http://www.biohealthbase.org/GSearch/home.do?decorator=Influenza 继续阅读

人类蛋白质表达图集(The human protein atlas )

蛋白质在正常组织、癌细胞、培养的细胞系中表达与定位的免疫组织化学 (IHC)以及免疫荧光( IF )共聚焦显微镜图像。2009-06-16发布第五版,包括8832中抗体,7,334,244 幅图像。

访问地址:http://www.proteinatlas.org/index.php 继续阅读

人类染色体G带图(Ideogram)的画法

什么是染色体G带图

将染色体经过一定程序的处理,并用特定的染料染色后,使染色体在其长轴上显示出一个个明暗交替或深浅不同的横纹,这样的横纹就叫做染色体的带。染色体G带也称为G显带,是最常用的染色体检查方法,可以识别和分析每条染色体

人类染色体G带图

人类染色体G带图

在许多基因组图谱中,染色体的G带图依然是染色体的表示,是染色体真实存在形态的一种描述。随着基因组注释的深入,基因组图谱系统成为人们了解基因组的常用方法,像NCBI的mapviewer、EBI的Ensembl、GBrowse等。将序列对应与G带图上,建立起核酸序列与染色体之间的联系,对于人们深入的了解染色体具有重要的意义,如同建立起一级结构与三级结构的联系。而G带图的数字化是关键步骤,如何将图变为数据库描述的记录,如果由数据库还原为图。本篇文章以NCBI的MapViewer为例,做一个介绍。 继续阅读

蛋白质二级结构预测的网络资源

nnpredict

nnpredict 算法使用了一个双层、前馈神经网络去给每个氨基酸分配预测的类型(Kneller 等,1990)。在预测时,服务器使用 FASTA 格式的文件,其中有单字符或三字符的序列以及蛋白质的折叠类(α 、β 或α /β )。残基被分为几类:α 螺旋(H)、β 叠片(E)或其它(-)。若无法对某残基给出预测,则会标上问号(?),这说明无法做出可信的分配。若没有关于折叠类的信息,预测也能在不定折叠类的情况下进行,而且这是缺省的工作方式。

据报道,对于最佳实例的预测,nnpredict 的准确率超过了 65%。序列通过向 nnpredict@celeste.ucsf.edu 发送电子邮件或是填写网上的表提交给nnpredict。

PredictProtein 

PredictProtein(Rost 等,1994)在预测中应用了略为不同的方法。首先,蛋白质序列被作为查询序列在 SWISS-PROT 库中搜索相似的序列。当相似的序列被找到后,一个名为 MaxHom 的算法被用来进行一次基于特征简图的多序列比对(Sander 和 Schneider,1991)。 继续阅读

web工程师的web架构设计经验分享

来源:http://www.phpv.net/html/1663.html

本人作为一位web工程师,着眼最多之处莫过于性能与架构,本次幸得参与sd2.0大会,得以与同行广泛交流,于此二方面,有些架构设计的心得,不敢独享,与众友分享,本文是这次参会与众同撩交流的心得.

架构设计的几个心得: 继续阅读

中国物种分类数据库

物种分类数据库 2007-11-22 0:03

 下一步的工作,我计划做分类数据库,中国的分类数据库,虽然国内也零星的有这样那样的数据库,但是没有一个系统的,专业的物
 种数据库,我想做出这样的系统。而这段时间我也就把主要的时间放在这上面。
 目前的问题:采用谁的分类体系,以及不同的分类体系如何比较,如何的更性系统,如何做出有中国特色的这样的系统: 继续阅读

利用ClusterW2构建多重比对的web服务:如何实现批量比对

ClusterW是最长用的一个多重比对工具,如何利用ClusterW构建一个多重比对的Web 服务,遇到的第二个问题就是如何根据用户的选择现实批量比对。我一直在琢磨着这件事情,时不时搜索一番,始终没有一个好的方案,却看到网上有很多这样的服务,却不开放源代码。这一次终于醒悟了,ClusterW提供了很多的参数,本来就可以实现,我却一直认为其只能交互式的使用,原来就在眼前,我却在苦苦寻找。

哦,为什么要建立web服务,有这么几点考虑: 继续阅读