blast+与blast的差异

很早就打算写一下blast+的差异,因为用的少了,所以草稿了很久,无意看到一篇介绍这方面的文章,写的挺好,就转载一下,作为补充了。

BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PCR。

自从1997年释出现有的BLAST版本后,这十多年来,BLAST经历了多次的升级,功能、性能一版比一版好,相应的其Source code也被修改的凌乱不堪,难于维护,极大的限制了对BLAST进一步 的修改、功能提升。再加上NCBI C++ Toolkit项目的开展,促使BLAST的维护者们决定从头开始,重新编写 BLAST代码。

2009年7月,NCBI发布了BLAST升级版——BLAST+,BLAST+使用了BLAST的核心算法,延 续了BLAST的优势功能,发展并增强了如BLAST的fastacmd程序,新增了如update_blastdb.pl等 程序。下面简单列举此次修改的主要内容: Continue reading

最新NCBI BLAST结果报告解读

写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致,Blast是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列,或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列,然后就是如何相似,这些相似又可以告诉我们哪些信息等。当然Blast可以衍生出许多的用途,但都是建立在找到相似性序列(片段)的基础上的。

最新的BLAST结果报告解读,本文以BLASTP为例子,说明如何来解读BLAST结果。 Continue reading

windows下构建基于web的Blast服务

本篇文章主要介绍windows如何使用PHP建立PHP服务。

首先讨论一下设计思路

  • web界面,可以参考NCBI,
  • 使用Javascript增加对用户输入的校验,
  • 然后将用户输入传给PHP脚本,PHP脚本检验用户输入,
  • 并将这些输入拼成执行Blast的命令,
  • 然后传给后台执行命令,
  • 拦截Blast程序的输出,判断是否执行成功,
  • 将结果返回给用户。

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blast服务器的构建

Blast本地化时,如果如果需要比对nr、nt库等,数据库比较大,数据库比较多时,每一台个人电脑上安装,是非常浪费资源的,再者如果做比较多的运算时,也会影响到个人对电脑的需求,所以对于一个实验室或者研究小组构建自己Blast服务器是一个很好的选择。 Continue reading

blast本地化:格式化数据库(formatdb详解)

构建的fasta格式的数据库文件必须被formatdb格式化后,才能被blastall、blastpgp、MegaBLAST使用。数据库文件也可以是ASN.1格式,但较少用到,所以下面还是主要以FASTA格式为例。

formatdb格式化数据库后,创建三个主要的文件——库索引(indices),序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是:.pin、.psq、.phr(对蛋白质序列)或.nin、.nsq、.nhr(对核酸序列)。另外,为便于查找还有一些ISAM索引文件同时生成:.pni和.pnd(或.nni和.nnd)文件,其中的数字索引只包含gi号;而其他的序列识别符和索引则包含在.psi和.psd(或.nsi和.nsd)中。 Continue reading

Blast结果的详细解析

要使用程序对blast结果进行解析、分析,就必须对BLAST的结果形式有深入的了解,本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构,供参考。这里的指的是blast默认的结果,也是我们应用最多的结果。

3.14.1. 结果文件的结构

一个BLAST的结果文件,大致结构如下:
每个blast结果文件都以固定的header开头,里面包含了BLAST程序名称,版本与Reference信息。接下来包含一个或多个Query,每个query包含以下内容:
Query information
Sequences producing significant alignments
Subjects
Query information是对一个query 序列的基本信息描述,Sequences producing significant alignments是对所有subjects的简要list。每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。 Continue reading